康熙皇帝对鳌拜结党专权一案的处理，是通情达理、很有策略的。经议政王大臣康亲王杰书等勘问议定：鳌拜罪行三十款，遏必隆罪行十二款，班布尔善罪行二十二款，那麻佛罪行十二款，塞本得罪行六款，均处死刑。随后康熙皇帝特召鳌拜亲自审问，鳌拜承认罪行俱实。虽然鳌拜自知罪行深重，但他仍企望能免去一死。他面对康熙皇帝，突然揭开衣服，袒露身体，暴出以往为救康熙皇帝的祖父皇太极而留下的累累伤痕。康熙皇帝此时油然萌生怜悯之情，于是下笔批示说：“鳌拜理应依议处死，但念效力年久，虽结党作恶，朕不忍加诛，着革职，籍没拘禁。”鳌拜总算保住了性命，死刑改为终身监禁，最后他死在狱中。其子那摩佛亦免死，着革职、籍没拘禁。
内大臣大学士班布尔善、鳌拜弟都统穆里玛、侄塞本得、吏部尚书阿思哈、兵部尚书噶褚哈、户部尚书玛迩赛、吏部侍郎泰璧图等人，“皆依附权势，结党行私，表里为奸，擅作威福，罪在不赦”依议处死。
辅臣遏必隆虽知鳌拜结党乱政，不预行纠劾，但他未曾结党，“其咎止于因循瞻顾”,特着免罪，革去太师和后加公爵，其原有一等公爵仍留给他的儿子。