董事长朱元璋认为北元以骑兵为主，机动力强，行动迅速，而明军是步骑混杂，要想找到北元主力决战并不容易，因此主张采取守势，只要北元不主动挑衅，就不搭理他了，但防守并不是什么事都不干，相反明朝可以加固北边防御，一旦北元南下，那么明军便可以逸待劳。而以执行总经理徐达为首的一众董事则觉得，区区北元，何足挂齿，既然上次没能一举打垮北元，那么这次一定要一劳永逸，他不是已经搬家到和林了吗？干脆这次多派点人直接帮他搬到应天府算了。
针对北元问题，明朝统治核心出现分歧，两种路线之争其实是由于身份不同导致的，朱元璋在群雄争霸的时期是军队的主帅，那时的主要目的就是击败群雄统一全国，而到了承平时期，作为新王朝的开国君主当务之急是恢复国力，保证大明的长治久安，北元上次已经被打废了，虽然现在看上去张牙舞爪但不过是跳梁小丑罢了，掀不起什么大风大浪了，既然没什么实质性威胁了就随他去折腾吧。而以徐达为首的武功集团，其价值正是靠一场场军事胜利体现出来的，现如今中原已经安定，只有漠北尚有天地供他们施展拳脚，如果不抓住这个机会再立战功，武功集团将逐渐丧失对文治集团的优势，因此即便基于此也要继续对北元残余势力作战。尽管历史一再证明，来自草原的敌人是不可能被肃清的，一个塞外民族消亡，很快会有其他民族来代替它，匈奴、鲜卑、契丹、蒙古概莫如此，然而在武功集团的强烈要求下，在第一次北征巨大的胜利影响下，朱元璋最终接受了主动进攻的意见，并提出了“永清沙漠”的目标。