至此，东晋国内刘裕再也没有对手。不过，在江南，还有谯纵称成都王，常威胁到荆楚之地。北方亦有后秦，刘裕要想收复中原，必须解决这一大患。
平定江南攻伐北地
刘裕在出兵征伐刘毅、攻克江陵后，乘胜进军益州。益州地区被大族谯纵占据，形成了一个独立的王国。谯纵自称成都王，称臣于后秦，常常派兵会侵袭东晋。因此，刘裕此举誓在收复益州，统一江南。
此战刘裕并没有让有着丰富经验的毛修之、臧熹担任统帅，而是力排众议，选用了年轻的朱龄石，他认定朱有武干，又练吏职，可以担此重任。然后他又将猛将蒯恩、刘钟等分派给朱龄石，并配给2万大军。朱龄石果不负重望，按照刘裕此前设计好的方案，顺利抵达巴蜀，经过一番激战，攻占成都，谯纵自杀身亡。益州被刘裕收复，江南一片平定。
收复益州，平定江南，刘裕的下一个目标便是北面的后秦。公元416年八月，刘裕的北伐大军从建康出发，一路北上西进。刘裕亲率水军自淮、泗入清河，逆黄河西上。此时的后秦，因饱受内忧外患，早已今非昔比，哪里是东晋精锐北府军的对手，东晋大将王镇恶、檀道济，一路斩将夺城，势如破竹，漆丘、项城、许昌、新蔡、仓垣相继收复，并一举拿下故都洛阳。后秦急忙向北魏求援，拓跋嗣派出10万精骑，但是并不真正进攻东晋军队，只在黄河边牵制晋军。