3.“返本”的传统价值准则与“开新”的
现代意识的矛盾“返本开新”是当代新儒学的价值诉求。“返本”，是返回宋明儒家心性之学的“根本”；“开新”，是在心性之学的基础上开出现代科学民主的新局。问题在于，心性之学的传统价值准则与科学民主的现代意识，二者属于截然不同的两套价值系统。二者之间的结合点何在？换言之，现代科学民主与传统儒家的心性之学如何接榫？直到今天，当代新儒学仍然没有给出一个令人信服的论证。“身”在现代社会，享受着现代物质文明，追求着传统中国没有的民主政治；“心”却要在传统社会，要依靠心性之学支撑精神世界，甚至笼罩社会价值系统，以传统之“心”，驾驭现代之“身”，其理想固然美好，但其现实性和操作性何在？究竟是从现代去观照传统，改铸传统，利用传统，为现代社会和现代人的“身心”服务；还是从传统出发，以现代社会和现代人的“身心”去适应传统，这个“传统与现代”的矛盾，是当代新儒学应当开解的“结”。
4.批评精神与自我反省意识的脱节
当代新儒学素有批评精神。无论是我们所称的当代新儒学第二代的钱穆、唐君毅、牟宗三，还是第三代的刘述先、蔡仁厚、杜维明（包括余英时），以及现正当年的李明辉、林安梧、杨祖汉的论著中，都可看到精彩的思想火花，看到他们对社会、人生、政治的批评，甚至他们内部的相互批评（例如余英时为钱穆的辩护以及由此招致的杨祖汉的批评，林安梧和李明辉之间的相互批评等）。可以说，儒家的批评精神在他们身上得到发扬光大。但是，从更为广阔的思维空间考察，不难发现，当代新儒学的学者们的自我反省意识远远比不上其批评精神。对于外界对当代新儒学的批评，对于当代新儒学自身的弱点和不足，当代新儒学的学者们固然有所反思，但远远不够。相反，他们的反批评精神十分强烈。近年来，海峡两岸都有对当代新儒学的批评。例如中国社会科学院的方克立[71]、郑家栋[72]，中山大学的李宗桂[73]，湘潭大学的刘启良[74]，香港科技大学的冯耀明[75]，台湾“中央研究院”的翟志成[76]，等等。当代新儒学的学者们对于这些批评，本可以平常心看待，既可正面争辩，也可置之不理，完全不必反应过度。反应过度的结果，就会导致人们对当代新儒学的襟怀的认识偏差，导致对当代新儒学的文化意识的误解。总之，自我反省意识弱于批评精神，这是当代新儒学在新的发展途程中需要解决的现实问题。