宽水十二年(1635年)发布第三次锁国令，禁止包括特许船在内一切扶桑船只驶往外国，去外国的的扶桑人在回扶桑后不问理由一律处死。
宽水十三年(1636年)发布第四次锁国令，除第一次禁令内容外，又增加了将南蛮在长崎所生子女及收留或救助这些混血儿童的人一律处死的法令，还有加强搜捕外籍教士的规定。这样，随着禁教而加强的贸易封锁逐步严厉。
宽永十四年（1637年），“岛原之乱”（“天草起义”）爆发，起义的农民以教民为核心反抗领主的苛政和暴行，据城防守打退了幕府联军的第一次、第二次、第三次攻击，还当场打死了幕府派遣的讨伐使板仓重昌，后来幕府动用了超过十二万人的诸侯联军，围城近两个月使起义军弹尽粮绝，之后才攻城成功。
此次事件给幕府、诸大名及当时扶桑社会极大震撼，岛原松仓家被没收领地，家主松仓胜家被判决斩首，成为江户时代大名被斩首的唯一一人（刨腹不算被斩首），天草寺泽家被没收领地，家主寺泽坚高因为精神失常自杀，寺泽家从此断绝。至此引发岛原之乱的两家大名都遭到覆灭的厄运。