(3)第三个漏洞就是全部免疫细胞认为这个细胞是自己人并留下他。引起梅毒的细菌——密螺旋体属就像这样。在其表面的抗原或“身份卡”，就像你的心肌细胞表面的心脂质（心肌磷脂）一样。在密螺旋体被控制之前，它们在体内引起破坏。当最终免疫系统认清了它们造成的危险时，免疫系统就攻击它，但是这样仍然会损伤心肌细胞，因为心肌细胞有相同的密码。在机体识别密螺旋体为外来者之前的这些日子，消灭它是很重要的，否则免疫系统会继续攻击心肌细胞直到这些细菌被消灭。
下面从自身抗原的形成、免疫细胞的突变以及免疫系统功能的失调三方面来探讨自身免疫疾病问题。
1．自身抗原的形成
自身抗原的形成原因是多方面的，简要介绍如下。
(1)隐蔽抗原的释放
在胚胎发育过程中，曾与淋巴网状系统接触的组织被识别为自身组织，受到机体免疫系统的保护。相反，未接触淋巴网状系统的组织则被认为是异体组织。有些器官和组织，例如中枢神经系统、甲状腺、晶状体、精子等在胚胎发育期间没有机会与胚胎免疫器官接触，因此不受免疫系统的保护，但这些器官组织在正常情况下不与相应免疫活性细胞接触，不致引起自身免疫反应。当发生外伤、感染或其他原因使这类原来被隔绝的“隐蔽抗原”被释放入血液或淋巴液，就可能与免疫活性细胞接触，刺激淋巴网状系统产生免疫反应，形成自身抗体，引起组织器官的损伤，导致自身免疫性疾病。