在得知苏联方面对“事变”处理结果后，陈独秀又撰文称蒋介石“是中国民族革命运动中的一个柱石”，表明中共绝无倒蒋之意。
然而，事态发展之快令陈独秀大出意料，在5 月15 日召开的国民党二届二中全会上，蒋介石不仅提出“整理党务案”，而且公开提出一党专政的主张。
“整理党务案”是蒋介石为限制共产党发展，确保他本人与国民党政治前途的一项方案，为了得到从莫斯科返回的苏联代表鲍罗廷的支持，蒋介石对鲍罗廷明确表示：
“大党允小党在党内活动，无异自取灭亡。……以两党现状，共产党退出国民党为最好。”
在苏联顾问团的支持下，蒋介石的“整理党务案”顺利通过。
中共在第一军的党代表全部退出，在国民党中央担任部长职务的中共党员也全体辞职。
对于“整理党务案”的实施，陈独秀在7 月中共中央四届三次扩大会议上明确提出：过去对蒋介石的力量估计不足，原以为民族资产阶级没有力量，现在看来蒋介石就是民族资产阶级的代表。而对民族资产阶级，不联合不行，不反对也不行，“明知其为将来之敌人，或者即是一年或三年后之敌人，而现在却不可不视为友军，且为有力之友军。”