接任霍诺留三世的新教皇是格里高利九世。腓特烈二世没有遵守诺言，教皇格里高利九世将他革除教籍。后来腓特烈二世率领一支大军到了东方，教皇非常生气，因为他说过，一个被逐出教会的人是不允许参加圣战的。
腓特烈二世几乎没有参加过战争，他与穆斯林达成十年的和平协议，伯利恒、拿撒勒和耶路撒冷都被移交给了基督徒。腓特烈二世加冕为耶路撒冷的国王，但是没有任何神职人员到教堂里为他完成加冕仪式。
腓特烈二世从东方回到了意大利，在那里，他发现教皇的军队驻扎在意大利南部的阿普利亚，而这座城市也属于他王国的一部分。很快，腓特烈二世就把他们赶了出去。最后教皇和皇帝之间终于讲和。
相比德意志，腓特烈二世更加在乎意大利。在南方的王国里，腓特烈二世成了一个独裁的暴君，除了他自己，没有人拥有任何权力。但是在德意志，他让那些大领主随心所欲。虽然他的父亲和祖父费了大量精力使德意志各邦统一为一个王国，但腓特烈二世却让德意志几乎又变得小国林立了，随后的几百年以来一直保持着这种分裂状态，而法国、英格兰已经是两个统一的民族国家了。