三十年战争前后分为四个阶段：第一阶段从1618年至1624年，称作捷克——巴拉丁阶段；第二阶段从1625年至1629年，称作丹麦阶段；第三阶段从1630年至1635年，称作瑞典阶段；第四阶段从1635年至1648年，称作法国——瑞典阶段。
布拉格起义后，捷克起义者成立了临时政府，再次宣布独立。不久，捷克议会又选举新教同盟首领巴拉丁选帝侯斐特烈为国王，与德皇斐迪南作战。捷克——巴拉丁联军出师得胜，一直打到维也纳城下。斐迪南在天主教同盟的支持下，进行还击，令旧教联军司令蒂利伯爵统24000大军入侵捷克“平乱”。1620年11月8日，在布拉格附近的白山战役中，两军决战，蒂里伯爵击溃捷克——巴拉丁联军2万人，占领了布拉格，捷克再次沦为奥地利哈布斯堡王朝的一个行省，直到1918年才恢复独立。腓特烈逃往荷兰，巴拉丁则被西班牙军队占领，其选帝侯资格被转归巴伐利亚公爵。这是三十年战争的第一阶段。旧教同盟暂占上风。
德皇斐迪南在军事上的胜利，不仅引起德意志新教诸侯的不安，而且加剧了欧洲形势的紧张。英、法、荷三国深感德国强大的威胁，决定支持新教同盟反击。丹麦、瑞典等北欧强国早已对德意志北部诸侯国的领土垂涎三尺，乘机出兵援助新教诸侯、打击其劲敌哈布斯堡王朝。俄国则希望借机削弱波兰，以便吞并乌克兰，也表示声援德意志新教诸侯。这样，德国内战便以宗教划线，扩大为一场国际战争。三十年战争进入第二阶段，由德意志新、旧教诸侯间的内战扩大为欧洲战争。