永乐十九年（公元1421年）正月初一，北京正式成为大明朝的京师，南京则降格为留都。至此，永乐帝的迁都工作正式宣告结束，大明朝也正式形成了“两京十三布政使司”（俗称“两京十三省”）的行政布局。永乐迁都前后历时十八年之久，在这期间朱棣始终密切关注着迁都的相关事宜，从整个迁都过程来说，一开始的时候北京是“行在”附都的形式存在，南京的地位比北京高。但是就算是以行在的形式存在，北京所具有的权力却是南京比不上的，皇帝多次驾临北京，并以此地作为桥头堡进攻蒙古，可见军事、政治权力都集中于北京，而南京则成了大后方。在迁都准备的十多年间，朱棣一直在想方设法提高北京的地位，想办法充实北京人口、提高富商数量。可见朱棣之所以会迁都北京绝不仅仅是因为礼部尚书李至刚的那封上书。应该说，朱棣做出迁都的决定是在综合各方面因素后，慎重考虑的结果，而这个考量是涉及多方面的。
2.迁都可不是一件小事
首先是地理位置因素。中国古代在考虑一个地方能不能成为国都的时候，首先要看的就是它的地理位置，正所谓“自古建邦之国，先取地理之形势”。南京虽然有着长江这个“天险”作为防守屏障，但是东吴、东晋、南朝时期的宋齐梁陈、五代南唐、南宋等以它们惨痛的历史经验告诉后世，长江这个“天险”是可以攻克的。更要命的是，一旦长江失手，南京就再也没有任何可以用来防卫的屏障了，就像砧板上的鱼一样，任人宰割。