说起锦衣卫的职能，大家可能想到的就是锦衣卫四处出动，神出鬼没，到处抓人，似乎这就是锦衣卫的唯一职能了。事实上，这只是锦衣卫的一项职能，当然这是最重要的职能。但是除了这项职能外，锦衣卫还拥有其他职能。
首先，便是仪仗队功能。在上面已经提到，锦衣卫是在朱元璋整合亲军都尉府和仪鸾司的基础上正式形成的。其中亲军都尉府主要负责的便是侍卫，而仪鸾司主要负责的则是仪仗，锦衣卫是在它们的基础上形成的，也就相应的把它们的职能一同给吸收了进来，从而也拥有了仪仗侍卫职能。可以说，每次朝廷举行郊祀、经筵及巡幸等重大礼仪活动时，锦衣卫都要参与进去，朝廷会在锦衣卫中选拔相貌俊美、身高出众的青年锦衣卫。一方面要侍卫在皇帝左右，随时听候皇帝的差遣，另一方面也要进行仪仗工作，比如布置现场、抬抬神主牌。并且锦衣卫除了侍卫皇帝之外，皇亲也是他们的侍卫对象，甚至亲王们要离开京城到自己的封地上时，锦衣卫都要安排专门的人手陪同前往。
其次，便是巡查缉捕的职能，俗称“特务”，这也是大家最为熟悉和锦衣卫最为重要的职能。可以说，朱元璋设立锦衣卫就是要让其发挥巡查缉捕的职能。由于朱元璋对朝廷官员的不信任，锦衣卫主要侦缉的对象就是朝廷中的高官，其侦缉范围则主要是在京师及其周边地区。一旦侦缉到官员有违法行为或者直接威胁到了皇权统治，这时锦衣卫中高级官员便会在朝堂上进行弹劾。洪武四大案（即胡惟庸案、“空印案”、郭桓案、蓝玉案）中均可发现锦衣卫活动的身影，其中蓝玉案更是直接由锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反。之后随着历史的发展，锦衣卫的侦缉范围和侦缉内容也逐渐发生了变化，慢慢在扩大。除了侦缉群臣之外，锦衣卫还负责捕盗，以及负责京城的治安。由于京城人口众多，仅仅依靠五城兵马指挥司来负责京城及其周边地区的治安工作，会有些“心有余而力不足”，在这种情况下，锦衣卫的出现就很好地弥补了这一缺点。事实上，除了负责京师及其周边地区的治安工作外，锦衣卫有时还会被派遣至外地抓捕盗贼。洪武二十五年（公元1392年），朱元璋就曾派遣锦衣卫指挥陶幹、锦衣卫力士曲连及薛才三人一同前往河南地区抓捕盗贼。