所谓三科法门，就是阴、入、界。阴是五阴，就是色、受、想、行、识，入是十二入，也就是外面的色、声、香、味、触、法六尘，和自己的眼、耳、鼻、舌、身、意六门。界是十八界，也就是六尘、六门、六识，自性能含容万法，所以叫作含藏识；如果起了分别思量，就是转识。由转识生起六识，出于六根门头，对外接触六尘，就这样，十八界都是从真如自性而起用。自性如果邪，就产生十八邪；自性如果正，就产生十八正。如果表现出恶用，就是众生用；如果表现出善用，就是佛用。用自那裡来呢？由自性而来。
相互对待的诸法，外境无情方面有五对法：天和地相对，日和月相对，明和暗相对，阴和阳相对，水和火相对。这是五对相对法。
法相、语言方面有十二对法：语和法相对，有和无相对，有色和无色相对，有相和无相相对，有漏和无漏相对，色和空相对，动和静相对，清和浊相对，凡和圣相对，僧和俗相对，老和少相对，大和小相对；这是法相和语言的十二对相对法。