在伊拉克，布什总统只宣布“大规模军事行动已经结束”，而不宣布伊拉克战争“已经结束”，是因为认识到稳定和重建伊拉克必定困难重重，充满不确定性。事实上，自2003年5月1日美军宣布“大规模军事行动已经结束”以后的一年间，美国在伊麻烦不断，伊反对美军占领的斗争一浪高过一浪，针对美军占领、具有游击战特点的恐怖活动此伏彼起。巴格达街头“几乎天天有枪声、爆炸声”，即使在萨达姆2003年年底落网后也是如此。
从2004年4月初开始，美军遇到更严重的困难。在费卢杰，因一些伊拉克人对美军阵亡士兵鞭尸，美出兵报复，重兵围城，与伊抵抗力量形成僵持；在伊南部，什叶派激进领导人萨德尔揭竿而起，在什叶派圣地纳杰夫等地与美军形成对峙局面。在这种情况下，美军死伤激增，仅4月份就达104人。美军在伊拉克战争“大规模军事行动结束”后一年间的死亡总人数达700余人，数倍于其在“大规模军事行动时期”的死亡数。美原定2004年初从伊撤军2万，但因伊局势突变，美不但未撤军，反而又增派了2万大军。
在此同时，媒体又捅出了美军虐待伊拉克战俘的恶性事件，使美军对伊战争及占领伊拉克的道义依据更加虚弱，并在伊斯兰世界激起新的反美、仇美情绪。国际社会及美国内对美军“打伊倒萨”合法性的质疑进一步升高。一些军事分析家认为，美国在伊拉克正在重蹈越南战争的覆辙。