而作为大唐帝国的第一战将，曾经为唐帝国讨平王世充和窦建德，南平萧铣和辅公祏，北灭东突厥，西破吐谷浑的李靖，则在公元635年领军击灭东突厥后，被人诬告“谋反”。
对此，李世民也不问告状是否属实，而是直接将李靖召来痛骂一顿说，前朝（隋朝）也有个名将史万岁曾经大破突厥，然而隋文帝杨坚不仅有功不赏，相反还直接将史万岁暴杀于朝堂之上。
然后李世民在未经审判就断定李靖“谋反”有罪的前提下说：“朕则不然，录公之功，赦公之罪。”意思就是说，我不学隋文帝击杀功臣，相反，我对你是有罪不罚、有功却赏。
为大唐立下不世奇功的李靖懂得君王的心意，此后，他“阖门自守，杜绝宾客，虽亲戚不得妄进”。最终保得了一个善终。
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尽管对待大臣们玩弄权术熟稔于心，但在生命中的倒数第六年，太子李承乾的密谋造反案，却给了这位父亲以重重一击。
贞观十七年（643年），李世民的第五子齐王李祐发动叛乱，失败后李祐本人被赐死，然而在审理齐王叛乱案的过程中，却无意中牵连出了太子李承乾，以及李世民的弟弟汉王李元昌的联合谋反案。
尽管自己也是通过血腥政变上台，但当太子李承乾的谋反事实被无意中揭露出来时，李世民仍然内心震撼，他随后命令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李勣等重臣迅速组成联合调查组进行审查，在证明太子造反属实后，李世民与群臣商议如何处治太子李承乾，席间没有人敢说话。