“车盖亭诗案”的处理，比较复杂。元朝脱脱编《宋史》，将蔡确列入奸党传未必合适，但自宋而元而明，对“王安石变法”的看法，一直负面，也是客观存在。第一，神宗死了，哲宗继位，宣仁高太后主政，重用旧党，推翻新法，形势对蔡确不利。第二，继王安石为相后，蔡确又极其卖力，贯彻新法，很得罪了那些反变法派。第三，生性歹毒，作风恶劣，害人甚多，结怨不少。此案一出，很令他的对立面欢欣鼓舞，想不到你小子终于有这一天。但谪令一出，贬英州别驾，新州安置，这绝对要他性命的处置，令朝中支持他的一派、反对他的一派，以及既不支持也不反对的一派，都傻眼了。他是当朝宰相，即使有错，也应得到尊重，应该体面下台，更不能远放新州，到那“与死为邻”的州县。于是，大宋王朝的变法一派、反变法一派，竟一致认为处分过于严重，而且不合祖宗家法。
赵翼在《二十二史札记》中，有一则关于“车盖亭诗案”的感想，此公以十分讶异的笔调写道：这是怎么回事呀？“若论（蔡）确设心之奸险，措词之凶悖，虽诛戮尚不足蔽辜，仅从远窜，已属宽典。乃当时万口同声，以为太过，即号为正人君子者，亦出死力救之。谓圣朝务宜宽厚，力言于宣仁后帘前，并言于哲宗者，范纯仁及王存也。谓注释诗语，近于捃摭，不可以开告讦之风者，盛陶也。谓以诗罪确，非所以厚风俗者，李常也。谓恐启罗织之祸，上疏论列，及闻确谪命，又奉还除目者，彭汝砺也。谓薄确之罪，则皇帝孝治为不足，若深罪确，则于太皇太后仁政为小累，皇帝宜敕置狱逮治，太皇太后出手诏赦之，则仁孝两全者，苏轼也。甚而范祖禹先既劾确，及问新州之命，又自谓自乾兴以来，不窜逐大臣，已六十余年，一旦行之，恐人情不安。又甚而邵康节局外评论，亦谓确不足惜，然为宰相，当以宰相处之，而以范纯仁为知国体。可见是时朝野内外，无不以为谪确为过当。”