韦昌辉孑然一身，东躲西藏。洪秀全趁机发动合朝文武处理韦的罪行，传令北王部属一律不问罪，但在搜查北王府时，却把他们杀死了；并严加把守各城门，张贴捉拿韦昌辉的布告。
每日搜查各馆衙，各街巷口设木栅栏，至黄昏后派人看守，往来者必须张灯点烛，经口号属实方准通行。三日后，桥栅口有人偷偷在张望，引起了守栅人警觉，就问道是谁，要上哪里去？
回答说：“往铅码街。”
“为什么没有张灯？”
回答说：“出来时候天色还早哩！”
“今日口号是什么？
回答说：“馆长还没有告诉我。”
守栅人感到奇怪，用灯火照亮，发觉来人有些像韦昌辉，大声呼唤多人前来捉拿，来人急忙腾身跳上屋脊，四街守栅人都赶来了，经多人团团围住，终于把他捉住，果然是韦昌辉。
洪秀全得悉韦昌辉被捉获，不作任何审讯，就下令将他五马分尸，他的党羽前后有两百人被杀。韦昌辉在死前，曾愤懑地说：“我为渠（洪秀全）除大害，今反责我而欲沽名耶！”