最根本的一点是发展模式的脆弱。商品经济作为社会发展的强大推动力，张居正给予了较充分的重视。然而他仍然无力化解商品经济与皇权政治之间的矛盾。正如他在为社会构建基本价值体系所必须面对“士人身份重新定位”这一至关重要的因素时，他在推动商品经济发展的过程中也必须面对皇权政治与商品经济之间不可调和的矛盾。
张居正力主“农商并重”，但中国封建社会长期以来都是重农抑商，尽管明朝中后期商品经济发展较快，但长期挣扎在皇权政治与“权力经济”夹缝之中的商业经济，犹如畸形儿，没有一个健康的发展环境。皇权通过各种手段来掠夺工商业者的财物，或“和买”，或“采办”，或“抽分”，或“加耗”等，名目繁多。而皇亲贵戚借其特权直接参与商业经营，在牟取暴利的同时还恣意欺凌普通商贩和平民小户。
正如顾炎武所指出的那样：“自万历以后，天下水利、碾硙、场渡、市集，无不属之豪绅，相沿以为常事矣!”一切似乎都表明，在皇权专制的制度下，商品经济只能以病态的形式发展，而且这种病态的经济形式非但不能促进社会的进步与发展，相反是侵蚀社会进步与发展的毒瘤。这也注定张居正农商并重的发展模式是很难生存的。无法化解皇权政治与商品经济之间的矛盾冲突，却又努力地确立“商农并重”的发展模式，结果只能适得其反。