八月二十日，顺治皇帝及诸王大臣、两宫眷属从沈阳启程。九月，车驾抵通州，多尔衮率诸王公迎驾，先向皇太后行三跪九叩礼，然后向幼主三跪九叩。十九日下午，顺治帝自正阳门（即前门）入宫。十月初一日，正式即帝位。顺治帝赐多尔衮嵌有十三颗东珠的黑狐皮帽、黑狐皮大衣及金银、鞍马、骆驼等。
这以后，多尔衮就对两黄旗进行打击和分化，对异己的王公予以制裁，两黄旗大臣又因多尔衮的分化纷起内讧。黄旗的大臣谭泰、图赖等后来便成了他的亲信。两黄旗侍卫本为清帝护军，多尔衮通过谭泰、拜尹图便将两黄旗侍卫处于自己控制之下，锡翰、冷僧机等竟“散遣皇上（世祖）侍卫大臣等，径送圣躬至睿王处。”
济尔哈朗本与多尔衮一同辅政，到了顺治四年，多尔衮干脆不让他辅政，而以多铎为辅政叔王。第二年，又罗列其十几条罪状，降为郡王。不久，济尔哈朗离开京城，率兵攻打山东的抗清部队。