首先，企业要明确自己的哪些信息可以成为商业秘密。它不是大到无边的，必须找出商业信息的秘密点进行保护。上面已经说过，权利人采取保密措施是信息成为商业秘密的要件之一，当侵犯商业秘密事件发生后，法院一定会问你商业秘密有哪些，采取了什么保护措施等问题，如果企业拿不出来证据证明那么胜诉的概率就较小。
秘密一般可以分为三类：绝密级，即关键性商业秘密，比如制造技术、设计方法、产品配方、生产工艺等，一旦泄露将遭受灭顶之灾；机密级，即重要性商业秘密，比如客户名单、谈判招投标信息、财务信息等，这类秘密的泄露虽然不至于引起灾难性后果，但会使企业大伤元气；秘密级，即一般性商业秘密，比如企业的发展规划和计划、营销方式等，这些秘密一旦被竞争对手拿到，就会使企业遭受一定的损失。
其次，设立专门的保护部门，建立相应的规章制度。大的企业一般由知识产权部、法律事务部等部门负责保密审查事宜。保密规章制度一般应考虑商业秘密的范围、商业秘密的管理者及责任、商业秘密档案管理、商业秘密的申报与审查、商业秘密的保密义务、相应处罚等内容，做到有章可循、责任到人。