就在国务会议举行的前一天，应两广巡阅使陆荣廷的邀请，孙中山偕章太炎、朱执信、廖仲恺、陈炯明等率海琛舰、应瑞舰自上海出发，经虎门抵达广州，孙中山在广东各界的欢迎会上发表演说，号召护法。21日，海军总长程璧光和第一舰队司令林葆怿响应孙中山的护法号召，以联名通电提出拥护《约法》、恢复国会、惩办祸首三项主张，随后率第一舰队的十艘军舰南下，护法运动自此开始。
8月1日，冯国璋抵达北京，他先行前往东厂胡同会晤前总统黎元洪，随后宣布继任大总统。就职以后，任命张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长，侍从武官长仍为廕昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，随后又与北洋巨头王士珍、段祺瑞见面，冯国璋在见面时力陈要互相团结、重振北洋，但当时的“北洋三杰”各怀心事，早已经是形同陌路。王士珍因为是复辟的附从，早已是心灰意懒，而冯国璋和段祺瑞则是各怀心事。