美济礁事件发生后，菲军方高层人士指出：“无论菲律宾与哪个邻国发生空战或海战，都坚持不了24小时”，“在南中国海任何冲突中，菲律宾都不能自卫”。在菲军方好战人士的鼓吹下，菲国会于1996年12月批准了拉莫斯总统参与草拟的一项耗资巨大的军队现代化15年计划，企图强化对美济礁的军事占领，但随后爆发了亚洲金融危机，这项动心勃勃的军事计划被迫搁浅。
1998年10月，菲律宾重新把美济礁事件挑起，菲军方拍了一组中国船只卸货的空中侦察照片，指责中国在美济礁扩建“军事建筑”。为了扩大事态，他们不惜故技重演，派出海军拘捕20名中国渔民并把他们投入巴拉望岛的一个牢狱。中国方面解释说，这些建筑是渔民避风场所，在工作开始之前就已事先通知菲律宾驻北京大使，菲律宾所提供的空中照片与事实不符，中方也不同意菲律宾提出拆除美济礁上所有建筑的要求。
从1995年至1998年间，菲律宾不断制造事端，蓄意挑起美济礁事件，其目的就是制造紧张气氛，迫使国会批准军队现代化计划，巩固并长期占领中国南海岛礁。从1998年下半年到1999年年初的几个月里，中国工人在海军护卫舰的保护下，在美济礁修建了4座钢筋混凝土结构的3层建筑，使该岛礁成为中国的一个永久前哨。