欧洲政治混乱的另一个因素，是罗马教会不让世俗的王子继承王位，而是使罗马教皇成为实际上的皇帝。他已经是最高的祭司，为了许多实际的利益，他掌管着这个日渐衰落的城市。虽然他没有军队，但他拥有遍布整个拉丁世界的牧师的宣传组织；虽然他缺乏统治人类肉体的能力，但是他却拥有人们幻想中天堂和地狱的钥匙，能够对他们的灵魂产生更大的影响。因此，在整个中世纪，当诸侯为了平等、进而为了统治权，最后为了最高权利而勾心斗角时，罗马主教，有时大胆、有时狡猾、有时虚弱——因为教皇一般都是相当老的人继承，教皇的平均统治时间不超过两年——作为基督教世界的最终统治者，努力使所有的诸侯都屈服于他。
但是，这种诸侯与诸侯、皇帝与教皇之间的冲突，并不能解释欧洲混乱的所有原因。在君士坦丁堡还有一位讲希腊语、要求整个欧洲对他忠诚的皇帝。当查理曼试图复兴罗马帝国时，他仅仅复兴了拉丁帝国。很自然地，拉丁帝国和希腊帝国之间的敌意迅速发展。而希腊语系基督教与新兴的拉丁语系基督教之间的敌意则发展的更为迅速。罗马教皇自称是基督使徒的首领和全世界基督教社会的领导者圣·彼得的继承者。但是君士坦丁堡的皇帝和主教都拒绝承认这种说法。关于教义中三位一体的观点的争论导致了一系列的冲突，并最终于公元1054年宣告分裂。此后，拉丁教会和希腊教会开始，此后也保持着不同以及直接的冲突。在我们估量影响到中世纪拉丁基督教世界的冲突时，这种敌对状态必然被考虑进来。