1954年4月，蒋介石在就任台湾当局的第二届“总统”之后，将蒋经国调离了台湾当局“国防部总政治部”，新职为“国防会议副秘书长”。
“国防会议”这个机构，扑朔迷离，名称听起来，好像和美国的“国家安全会议”性质类似，但是，在美国它并非政府常设机构，而是提供总统咨询的临时会议。蒋介石的“国防会议”却是一个常设机构，下辖“国家动员局”和“国家安全局”两个机构。“国防会议”，对于蒋介石来说，是一个制度化了的“太上特务机构”，蒋经国调位到新职，实际上就成为名副其实的秘密警察首脑。
蒋经国一辈子从政，担任过无数次副职，这正是蒋介石的一套老练的政治权术的表现。正、副只是名义，权力才是实质。蒋介石说，蒋经国做副手是磨练，其实，蒋经国工作的单位，正、副手总是颠倒过来的。
这时，“太子系”的势力已开始形成气候，那些作为“太子”“亲密战友”的人，都安排到了重要位置，陈诚空出的“行政院院长”职位，由蒋经国的铁哥们俞鸿钧接替，另一位“太子系”的主将唐纵，担任了中央党部秘书长的职务。这是当年陈立夫的位置。
1963年11月，国民党第九次代表大会上，严家淦擢升为中央常委，不久，陈诚坚辞“行政院院长”，严家淦“组阁”，他做的第一件事，就是任命蒋经国为“国防部副部长”。到这时，一直貌似不起眼的蒋经国才从幕后窜到了台前。